Com o acesso do Atlético ao Campeonato Brasileiro da Série B/2009,, após 4 anos a competição voltará a contar com 2 times goianos,, o próprio Atlético e o Vila Nova,, que foi 6o. colocado em 2008. De 2000 a 2005,, o futebol goiano teve Anapolina e Vila Nova na Série B. Em 2006,, com o rebaixamento da Anapolina no ano anterior,, ficou apenas com o time vilanovense,, que por sua vez também foi rebaixado naquele ano (2006),, deixando o futebol goiano sem representante nesta Série pela 1a. vez desde 1996,, o que aconteceu apenas em 2007,, com o acesso de imediato do Vila Nova,, de volta à Série B em 2008. Os 20 times participantes da Série B/2009 são os seguintes:
- 2 do Ceará = Ceará e Fortaleza
- 2 do Rio Grande do Norte = ABC e América
- 1 da Paraíba = Campinense
- 1 da Bahia = Bahia
- 2 de Goiás = Atlético e Vila Nova
- 1 do Distrito Federal = Brasiliense
- 1 de Minas Gerais = Ipatinga
- 2 do Rio de Janeiro = Duque de Caxias e Vasco
- 5 de São Paulo = Bragantino,, Guarani,, Ponte Preta,, Portuguesa e São Caetano
- 1 do Paraná = Paraná
- 1 de Santa Catarina = Figueirense
- 1 do Rio Grande do Sul = Juventude
Serão representantes de 11 Estados mais o Distrito Federal,, ficando 15 Estados sem nenhum time: Roraima,, Rondônia,, Amapá,, Acre,, Amazonas,, Pará,, Tocantins,, Maranhão,, Piauí,, Pernambuco,, Alagoas,, Sergipe,, Mato Grosso,, Mato Grosso do Sul e Espírito Santo.
De 2008 para 2009,, passaram a ter representante na Série B,, Paraíba,, Minas Gerais e Rio de Janeiro enquanto Alagoas deixou de fazer parte da competição.
- Subiram da Série B para a Série A: Corinthians (SP),, Santo André (SP),, Avaí (SC) e Grêmio Barueri (SP).
- Desceram da Série A para a Série B: Figueirense (SC),, Vasco (RJ),, Portuguesa (SP) e Ipatinga (MG).
- Desceram da Série B para a Série C: Marília (SP),, Criciúma (SC),, Gama (DF) e CRB (AL).
- Subiram da Série C para a Série B: Atlético (GO),, Guarani (SP),, Campinense (PB) e Duque de Caxias (RJ).
