Com o acesso do Atlético à Série B e com o Itumbiara e o Anápolis não tendo alcançado classificação para permanecerem na Série C,, o Campeonato Brasileiro da Série C/2009,, que será o primeiro com a participação de apenas 20 equipes,, não terá time goiano. Os 20 times participantes são os seguintes:
- 1 do Acre = Rio Branco
- 2 do Pará = Águia e Paysandu
- 1 do Maranhão = Sampaio Correa
- 1 do Ceará = Icasa
- 1 de Pernambuco = Salgueiro
- 2 de Alagoas = CRB e ASA
- 1 de Sergipe = Confiança
- 1 do Distrito Federal = Gama
- 2 de Mato Grosso = Mixto e Luverdense
- 2 de Minas Gerais = Ituiutaba e América
- 2 de São Paulo = Marília e Guaratinguetá
- 2 de Santa Catarina = Criciúma e Marcílio Dias
- 2 do Rio Grande do Sul = Brasil e Caxias
Serão representantes de 12 Estados mais o Distrito Federal,, ficando além do Estado de Goiás,, mais 13 Estados sem nenhum time: Roraima,, Rondônia,, Amapá,, Amazonas,, Tocantins,, Piauí,, Rio Grande do Norte,, Paraíba,, Bahia,, Mato Grosso do Sul,, Espírito Santo,, Rio de Janeiro e Paraná.
Estes 20 clubes participantes da Série C/2009 serão divididos em dois grupos de 10 times cada,, com as partidas sendo disputadas em turno e returno dentro dos respectivos grupos,, totalizando 18 jogos para cada time. Classificam-se 8 equipes (4 de cada grupo) para a 2ª Fase (Quartas-de-Final),, que passam a jogar em ida e volta no sistema eliminatório até a decisão do título. Terão acesso à Série B/2010 os quatro times que se classificarem para a Fase Semifinal enquanto serão rebaixados para a Série D/2010 os dois últimos colocados de cada um dos dois grupos de 10 da 1ª Fase,, num total de 4 equipes.
O Campeonato Brasileiro da Série C/2009 será disputado utilizando-se 24 datas,, do domingo,, dia 24 de maio,, até o domingo,, dia 22 de novembro,, com jogos apenas nos finais de semana ao longo de toda a competição.
