O Anápolis FC desistiu de disputar a Copa Goiás Sub-20 – Edição 2009,, preferindo participar com as mesmas Categorias que disputou no 1º semestre,, Sub-18,, Sub-16,, Sub-14 e Sub-12. Assim o Grupo 3 da 1ª Fase da competição terá 4 participantes,, ficando uniforme em relação aos outros 2 Grupos.
Grupo 1: Goiás EC,, Itumbiara EC,, AE Goianirense e AA Anapolina.
Grupo 2: Vila Nova FC,, Goiânia EC,, AD Quirinopolina e AE Canedense.
Grupo 3: Atlético CG,, AE Evangélica,, Crac e Jaraguá EC.
