A exemplo do Goiás,, o Vila Nova também está confirmado na Copa São Paulo de Juniores - Edição 2009. A competição mais uma vez terá a participação de 88 equipes,, sendo que o Goiás e o Vila Nova serão os representantes do futebol goiano. A Copa será realizada de 4 a 25 de janeiro de 2009,, com jogadores nascidos em 1990,, 1991,, 1992 e 1993.
