No sorteio realizado nesta sexta-feira, dia 23 de abril, os dezesseis confrontos da 3ª Fase da Copa do Brasil/2021, ficaram assim definidos:
- Atlético x Corinthians (SP), ida em São Paulo, volta em Goiânia
- Bahia (BA) x Vila Nova, ida em Goiânia, volta em Salvador
- ABC (RN) x Chapecoense (SC), ida em Chapecó, volta em Natal
- Athletico (PR) x Avaí (SC), ida em Florianópolis, volta em Curitiba
- Atlético (MG) x Remo (PA), ida em Belém, volta em Belo Horizonte
- Brasiliense (DF) x Grêmio (RS), ida em Porto Alegre, volta em Taguatinga
- Ceará (CE) x Fortaleza (CE), ida e volta em Fortaleza
- Juazeirense (BA) x Cruzeiro (MG), ida em Belo Horizonte, volta em Juazeiro
- Criciúma (SC) x América (MG), ida em Belo Horizonte, volta em Criciúma
- Flamengo (RJ) x Coritiba (PR), ida em Curitiba, volta no Rio de Janeiro
- Internacional (RS) x Vitória (BA), ida em Salvador, volta em Porto Alegre
- Palmeiras (SP) x CRB (AL), ida em Maceió, volta em São Paulo
- Bragantino (SP) x Fluminense (RJ), ida no Rio de Janeiro, volta em Bragança Paulista
- Santos (SP) x Cianorte (PR), ida em Cianorte, volta em Santos
- São Paulo (SP) x 4 de Julho (PI), ida em Teresina, volta em São Paulo
- Vasco (RJ) x Boavista (RJ), ida em Saquarema, volta no Rio de Janeiro
As datas base dos confrontos são as quartas-feiras, dias 2 e 9 de junho.