O Atlético acabou ficando na 2ª colocação de seu Grupo 12 na 1ª Fase da 48ª Copa São Paulo/2017, tendo como adversário na 2ª Fase da competição formando a partida 11 da mesma, o Paulista de Jundiaí (SP), classificado como 1º colocado do Grupo 11 no qual o Red Bull de Campinas (SP) também classificou-se como 2º colocado, sendo eliminados, o Joinville (SC) em 3º e o Vitória da Conquista (BA) em 4º lugar.
A partir da 2ª Fase, eliminatória simples em jogo único, empate no tempo regulamentar, provoca decisão por pênaltis.
O classificado da partida 11 entre Paulista (SP) x Atlético enfrenta na 3ª Fase o classificado da partida 12 entre Vitória (BA) x Red Bull (SP).
Na outra partida da 3ª e última Rodada do Grupo 12 em Atibaia, no final da tarde deste sábado, dia 7 de janeiro, triunfo do Vitória (BA) sobre o Atibaia (SP) por 2x1, proporcionando a seguinte classificação final:
Col. Times PG J V E D GP GC SG
1º Vitória (BA) (Clas. p/ a 2ª Fase) 7 3 2 1 0 5 2 +3
2º Atlético (Clas. p/ a 2ª Fase) 6 3 2 0 1 4 3 +1
3º ABC (RN) 2 3 0 2 1 2 3 -1
4º Atibaia (SP) 1 3 0 1 2 1 4 -3
Em relação ao Grupo 2 do Vila Nova na cidade de Tanabi, o outro jogo da 3ª e última Rodada no final da tarde deste sábado, dia 7 de janeiro, vitória do Náutico (PE) diante do Tanabi (SP) por 4x2, determinando a seguinte classificação final:
Col. Times PG J V E D GP GC SG
1º Náutico (PE) (Clas. p/ a 2ª Fase) 6 3 2 0 1 8 5 +3
2º Mirassol (SP) (Clas. p/ a 2ª Fase) 6 3 2 0 1 4 3 +1
3º Vila Nova 4 3 1 0 2 2 3 -1
4º Tanabi (SP) 1 3 0 1 2 2 5 -3
