Dentre os 36 times eliminados na 1ª Fase do Brasileiro da Série D/2016, o Goianésia, único dos três representantes goianos na competição que não se classificou para a 2ª Fase da mesma, ficou na 68ª e última colocação.
Juntamente com o pernambucano Serra Talhada formou a dupla que perdeu todos os seus seis jogos disputados. Enquanto a equipe do sertão de Pernambuco teve saldo negativo de 13 gols com 1 gol marcado, o time goianesiense ficou com saldo negativo de 18 gols, tendo assinalado 2 gols, ambos por intermédio de Marquinho.
Este foi o 4º Brasileiro da Série D consecutivo do Goianésia que não se classificou para a edição de 2017 através do Goianão 2016.
