O Vila Nova acabou eliminado da 47ª Copa São Paulo/2016 na 3ª Fase da competição ao ser derrotado pelo Mirassol (SP) na cidade de Lins pelo placar de 3x1. O gol do alvi-rubro goiano foi assinalado por Daniel Felisbino.
O time vilanovense fica sendo então o último dos quatro representantes goianos a ser eliminado da Copa São Paulo/2016.
Com a derrota, o Vila Nova perde uma longa invencibilidade na categoria. Foram 31 jogos com 29 vitórias e dois empates, sendo quatorze pelo Campeonato Goiano Sub-20/2015, treze pela Copa Goiás Sub-20/2015 e mais quatro por esta Copa São Paulo/2016.
