O Goiânia foi eliminado da 47ª Copa São Paulo/2016 na 2ª Fase da competição ao ser goleado pelo Red Bull (SP) em Atibaia por 3x0.
De qualquer maneira, o Goiânia completa nesta 47ª edição da Copa São Paulo, sua 3ª participação consecutiva ultrapassando a 1ª Fase da competição.
Pelo 3º ano seguido o Goiânia termina sua participação na Copa com saldo zero, este ano, 5 gols pró e cinco contra, no ano passado, 9 gols pró e nove contra e no ano retrasado, 11 gols pró e onze contra.
