No fechamento da 3ª e última Rodada da 1ª Fase da 47ª Copa São Paulo/2016, o Goiânia, classificado de maneira antecipada à 2ª Fase da competição, ficou no empate em 0x0 diante do Atibaia (SP) na cidade do mesmo nome, terminando com 7 pontos ganhos na 1ª colocação do Grupo 23.
Este empate deu a classificação como 2º colocado do grupo ao Brasília (DF) que na outra partida da rodada venceu a Portuguesa (SP) por 2x0.
Na 2ª Fase da Copa, o Goiânia terá como adversário o time paulista do Red Bull de Campinas, que foi o 2º colocado do Grupo 24 ao derrotar a equipe potiguar do Palmeira de Goianinha por 2x0, enquanto o Flamengo (RJ) ficou em 1º lugar, depois da sua vitória por 3x1 sobre o União de Mogi das Cruzes (SP) no grupo que foi disputado na cidade de Mogi das Cruzes.
Nesta última rodada da 1ª Fase da competição, pelo Grupo 20, em São Bernardo do Campo, o Goiás foi eliminado ao ser derrotado pelo São Bernardo FC (SP) por 2x0, ficando na lanterna do grupo.
Além do time paulista que já estava classificado e inclusive com a 1ª colocação garantida, classificou-se neste grupo também o ABC (RN), pelo saldo de gols, com seu empate diante do Galvez (AC) em 2x2 e a própria derrota do alvi-verde goiano.
