Na abertura da 3ª e última Rodada da 1ª Fase da 47ª Copa São Paulo/2016, o Vila Nova, classificado de maneira antecipada à 2ª Fase da competição, ficou no empate em 1x1 diante do Mirassol (SP) em Penápolis, garantindo a 1ª colocação do Grupo 3 com 7 pontos ganhos.
O gol vilanovense foi marcado por David.
Este empate deu a classificação ao time paulista como 2º colocado do grupo.
Na 2ª Fase da competição, o Vila Nova terá como adversário o Linense (SP), que foi o 2º colocado do Grupo 4, atrás do Botafogo (RJ) que ficou em 1º lugar, depois do empate entre os dois nesta quarta-feira, dia 6 de janeiro, em 1x1 na cidade de Lins.
No ano passado, o Linense (SP) foi o adversário do Goiânia na 2ª Fase, com vitória do alvi-negro goiano por 3x2 na própria cidade de Lins.
A partir desta 2ª Fase, a competição passa a ser em eliminatória simples em jogo único, empate no tempo normal, provoca decisão por pênaltis.
Nesta última rodada da 1ª Fase da competição, pelo Grupo 10, na cidade de Leme, o Atlético despediu-se da competição com vitória sobre o Lemense (SP) pelo placar de 2x1, com Balotelli e Cacá anotando os seus gols.
O time atleticano terminou na 3ª colocação em seu grupo com 3 pontos ganhos, à frente do Lemense (SP) e superado pelos classificados Criciúma (SC) e Rio Claro (SP). A equipe catarinense ficou na 1ª colocação do grupo ao vencer nesta última rodada o Rio Claro (SP) por 1x0.