Encerrada a 1ª Fase do Brasileiro da Série C/2012, os 12 times que não alcançaram classificação às Quartas-de-Final da competição ficaram com as seguintes colocações finais:
Col. PG J V E D GP GC SG
9º Caxias 27 18 8 3 7 23 26 -3
10º Brasiliense 23 18 7 2 9 25 29 -4
11º Vila Nova 23 18 6 5 7 27 26 +1
12º Madureira 23 18 6 5 7 17 21 -4
13º Treze 22 18 7 1 10 24 33 -9
14º Santa Cruz 22 18 5 7 6 26 22 +4
15º Águia Marabá 22 18 5 7 6 22 32 -10
16º Cuiabá 20 18 4 8 6 20 21 -1
17º Salgueiro (Rebaixado para Série D/2013) 20 18 4 8 6 25 29 -4
18º Santo André (Rebaixado p/ a Série D/2013) 18 18 3 9 6 14 22 -8
19º Guarany/S (Rebaixado p/ a Série D/2013) 14 18 3 5 10 21 30 -9
20º Tupi (Rebaixado p/ a Série D/2013) 14 18 3 5 10 13 25 -12
Este foi o 5º Brasileiro da Série C disputado pelo Vila Nova a partir do sistema de Séries com acesso e decesso do Campeonato Brasileiro criado em 1994. Em 94 o Vila Nova ficou em 24º lugar, em 95 ficou na 20ª posição e em 96 sagrou-se campeão invicto, alcançando o acesso para a Série B juntamente com o vice-campeão Botafogo de Ribeirão Preto.
Na Série B, o Vila Nova ficou até 2006 quando foi rebaixado como o 20º e último colocado.
Em 2007, de volta à Série C, conquistou o seu 2º acesso à Série B de imediato, como 3º colocado, juntamente com o campeão Bragantino, o vice Bahia e o 4º colocado, ABC.
Novamente na Série B, permaneceu de 2008 até o ano passado, 2011, quando foi rebaixado pela 2ª vez como 18º colocado, juntamente com Icasa (17º), Salgueiro (19º) e Duque de Caxias (20º).
Destes, o Salgueiro foi novamente rebaixado, agora para a Série D/2013, enquanto Icasa e Duque de Caxias classificaram-se para as Quartas-de-Final da competição.
Em 2013 será o 6º Brasileiro da Série C do Vila Nova, o 2º consecutivo e o 3º no modelo atual de acesso dos 4 primeiros colocados.
