A Copa Goiás Sub-16 de 2012 terá em sua Fase Final o clássico Vila Nova x Goiás. Os dois eliminaram na Fase Semifinal respectivamente Atletas de Jesus e Anápolis. O Vila Nova empatou o jogo de ida pelo placar de 2x2 fora de casa e goleou na partida de volta em casa por 4x1, enquanto o Goiás goleou na partida de ida fora de casa por 6x1 e derrotou o adversário no jogo de volta em casa pelo placar de 3x1.
Por ter somado 1 ponto a mais ao longo de toda a Copa (26 x 25), o Vila Nova na Fase Final terá a vantagem da igualdade de pontos e gols para sagrar-se campeão da competição, além de jogar a partida de volta em casa, no Estádio Onésio Brasileiro Alvarenga na próxima sexta-feira, dia 16 de novembro, às 16:30 horas, enquanto a partida de ida ocorre nesta terça-feira, dia 13 de novembro, também às 16:30 horas no Estádio Hailé Pinheiro.
Ambos decidiram o Campeonato da Categoria no 1º semestre quando o Vila Nova sagrou-se tetra-campeão e o Goiás bi-vice-campeão. Na ocasião, o Vila Nova venceu o jogo de ida no Estádio Onésio Brasileiro Alvarenga por 3x1 e o Goiás ganhou a partida de volta por 2x1 no Estádio Hailé Pinheiro.
Na edição do ano passado, o Campinas foi o campeão e o Goiás o vice-campeão.
Esta é a última edição de uma competição da Categoria Sub-16, pelo menos por ora, uma vez que a partir do ano que vem, esta Categoria será substituída pela Sub-17.