O Vila Nova encerrou a sua participação no Grupo W da 1ª Fase da 43ª Copa São Paulo/2012 perdendo de virada para o Americano de Bacabal (MA) pelo placar de 2x1 em São José dos Campos. O seu gol foi marcado pelo atacante Breno.
O time vilanovense ficou na lanterna de seu grupo com 0 ponto ganho,, 3 jogos e 3 derrotas,, 2 gols pró x 6 gols contra,, saldo negativo de 4 gols.