Com a ampliação do número de participantes e do tempo de duração (o ano todo) da Copa do Brasil a partir do ano que vem, houve a necessidade da criação de um novo critério para o preenchimento das 8 vagas brasileiras na Copa Sul-Americana, também a partir de 2013, o que foi estabelecido pela CBF, obedecendo a seguinte sequência:
a) Os oito primeiros colocados do Campeonato Brasileiro da Série A.
Obs.: Como normalmente os 4 primeiros colocados classificam-se para a Copa Libertadores, e estes participarão no 2º semestre do ano, a partir das Oitavas-de-Final da Copa do Brasil, paralelamente à Copa Sul-Americana, estes já estarão alijados desta.
b) A seguir, os classificados do 9º ao 16º lugar do Campeonato Brasileiro da Série A.
Obs.: Na hipótese do não preenchimento total das vagas à Copa Sul-Americana, devido à participação a partir das Oitavas-de-Final da Copa do Brasil,
c) Os 4 primeiros colocados, pela ordem, do Campeonato Brasileiro da Série B.
Obs.: Idem em relação à alínea anterior,
d) Os classificados do 16º ao 20º lugar do Campeonato Brasileiro da Série A.
Assim sendo, os quatro melhores colocados do Campeonato Brasileiro da Série B desde já, tem possibilidade de disputar a Copa Sul-Americana no ano seguinte, dependo de quais serão os 16 times classificados para as Oitavas-de-Final da Copa do Brasil de cada ano.